Die M/Y Borneo Explorer fährt Touren zu den Tubbahata Riffen (deutsch: „Schlafplatz der Mantas“). Der streng  überwachte Marinenationalpark wurde 1993 von der UNESCO zum Weltkulturerbe erklärt. Er besteht aus 2 Korallenatollen (Nord- und Süd-Tubbataha), die durch einen 8 Meter breiten Kanal voneinander getrennt sind. Die voll intakte Rifflandschaft fällt nach einem schmalen Flachbereich unmittelbar senkrecht bis auf 2.000 Meter Tiefe ab. An den farbenfroh bewachsenen Drop Offs patrouillieren große Schulen an Makrelen und Barrakudas. Weiß- und Schwarzspitzenriffhaie, sowie Graue Riffhaie und Schildkröten trifft man sehr häufig an. Es bestehen aber auch gute Chancen Mantas, Adlerrochen und mit Glück auch Hammerhaien zu begegnen. Walhaie und Delfine sind ebenfalls regelmäßige Besucher des größten zusammenhängenden Riffsystems der Philippinen. Aufgrund der exponierten Lage in der offenen See muss zum Teil mit starken Strömungen gerechnet werden, die jedoch Grundvoraussetzung für die atemberaubende Artenvielfalt sind.

Die M/Y Borneo Explorer ist ein gut gepflegtes 27 Meter langes und 6,5 Meter breites Stahlschiff. Sie ist ganz auf die Bedürfnisse von Tauchern eingerichtet. Back- und steuerbordseitig befinden sich die beiden geräumigen Tauchdecks. Es stehen Spülbecken, Süßwasserduschen, sowie ausreichend Lager- und Aufhängemöglichkeiten für die eigene Ausrüstung zur Verfügung. Getaucht wird mit 10 bis 12 Liter Alutanks. Nitrox ist gegen Gebühr erhältlich. Die Ausrüstung wird durch die Crew vorbereitet und auf die beiden Hartschalen-Beiboote verladen. Ortskundige, einheimische Guides begleiten die Tauchgänge, individuelles Tauchen ist möglich. Die ausführlichen „Briefings“ werden in Englisch abgehalten. Die meisten Tauchgänge sind Strömungstauchgänge, die Taucher werden von den Beibooten nach den Tauchgängen wieder eingesammelt. Zurück an Bord werden sonnengewärmte Handtücher und kühle Getränke gereicht.

Den Gästen stehen ein Salon mit Bar, Fernseher und CD/DVD Player, eine Bücherecke, sowie ein großes Sonnendeck mit Liegestühlen zur Verfügung.
Die insgesamt 9 Kabinen unterteilen sich in sieben Deluxekabinen und zwei Suiten. Alle Kabinen sind ausgestattet mit 220 Volt, Klimaanlage, Bad mit Dusche/WC (heißes Wasser) und Panoramafenster. Die Suiten verfügen jeweils über ein Doppelbett, die Deluxe Kabinen über jeweils 2 übereinander liegende Stockbetten. Täglicher Handtuchservice. Vollpension in Buffetform mit regionalen und internationalen Gerichten. Täglich frisches Obst. Kaffee, Tee, Säfte, sowie kleine Snacks sind gratis. Softdrinks und Bier sind zu moderaten Preisen erhältlich.

Die Safaritouren beginnen und enden in Pto. Princesa. Die 160 km lange Anfahrt zu den Tubbataha Riffen erfolgt über Nacht. Die Tour beinhaltet 6 Tauchtage mit 3 bis 5 Tauchgängen (inkl. Nachttauchgang, außer am letzten Tag) pro Tag.

Die Marineparkgebühren für das Apo und Tubbataha Riff und eventuell ein Treibstoffzuschlag (fuel surcharge) sind an Bord zu entrichten. Es ist möglich, gegen Gebühr das Satellitentelefon zu benutzen.
Die Reisezeit für den Tubbataha Nationalpark ist wetterbedingt auf den Zeitraum von Mitte März bis Mitte Juni begrenzt.